S级最强阵容在勇士与旅途中虽然以高输出和控制能力著称，但普遍存在生存能力弱的问题，例如宙斯作为输出型控制法师，尽管技能能造成多段伤害并配合雷霆符文强化控制效果，但他的生命值较低，极易被近战英雄如须佐之男或孙悟空快速击杀，这导致在竞技场或推图模式中，如果不谨慎调整站位避免直接对位高输出敌人，整个阵容可能迅速崩溃。
高爆发阵容如双攻击角色搭配单一辅助，虽然能瞬间造成巨大伤害，但防御机制薄弱，缺乏足够的前排坦克来吸收伤害，在遭遇群体攻击或持续战斗时队伍容易瓦解，同时召唤师流依赖海拉和洛基等英雄召唤大量单位来分摊伤害和输出，但这种策略的续航能力差，一旦召唤物被清除，整体输出和坦度骤降，难以应对持久战或高难关卡。
资源分配不当会加剧阵容的弱点，如果玩家过度投资于输出型战魂而忽视治疗和坦克角色的培养，阵容在面对多样化游戏模式时适应性不足，例如在推图或神塔挑战中，缺乏平衡的戰法牧组合可能导致生存问题，而过度依赖S级英雄可能因星级不足而表现不佳，因为高星级低品质战魂有时优于低星S级，这提示玩家需要优先培养主力至满星并通过万神殿同步等级。
符文和装备搭配不合理也会暴露阵容缺陷，宙斯若未配备雷霆符文来增强控制，其多段伤害效果大打折扣，而整体阵容如果缺少复苏符文等套装效果，治疗角色的生存加成不足，会降低团队持久力，同时装备升阶需平衡套装属性，例如T1套装适合召唤物流但可能缺乏爆发，T5套装侧重暴击但防御较弱，不当选择会放大脆皮或输出不足的弱点。
在特定游戏模式下，S级阵容的局限性更明显，例如宙斯在推图中作为输出位伤害不够，作为辅助控制位又不合格，而竞技场中虽可通过调整位置发挥优势，但整体上依赖特定英雄如须佐之男可能被反制，玩家需根据敌人特性和战斗场景动态调整，避免固守单一配置导致被动。
