前往口袋妖怪火红中的一二三岛，核心前提是完成关都大陆的主线剧情，即收集八枚徽章并击败四大天王成为冠军，之后大木博士会开启七岛剧情任务并提供船票，这是所有岛屿之旅的起点。玩家需要前往枯叶市的码头，使用船票乘坐海狮号渡轮选择目的地，即可正式开启岛屿冒险。这段旅程并非一次性解锁，而是需要依序完成每个岛屿的关键任务来解锁后续航线，因此提前准备好秘传技能机和一支平均等级较高的队伍会让探索更为顺利。
抵达第一岛是旅程的第一步，通常在红莲岛击败馆主夏伯后，他会主动带玩家乘船前往。上岛后的首要任务是前往岛屿北部的宝可梦中心左侧，那里有一个火箭队游戏厅，玩家需要进入并击败内部的火箭队成员，成功解救被绑架的研究员。完成这个任务后，前往岛屿南部的码头与船长对话，才能解锁前往第二岛的航线。在第一岛期间，可以探索岛上的灯火山，那里栖息着传说中的火焰鸟，探索火山内部时需要用到碎岩术来开辟道路。
从第一岛乘船即可到达第二岛，下船后会发现道路被一只沉睡的卡比兽阻挡。解决这个障碍需要返回关都地区的紫苑镇，前往精灵塔的顶层获取宝可梦笛子，之后再回到第二岛对卡比兽使用即可唤醒它并让开道路。第二岛上设有回忆技能小屋，位于岛屿的东南角，可以让宝可梦重新学会之前遗忘的技能，但需要消耗特定的树果作为代价。岛屿西侧有一片需要通过冲浪术抵达的遗迹区域，而东部山区则需要碎石术来开路，西南角的山洞内则有需要按顺序推动岩石的机关。
完成在第二岛的探索和任务后，继续在码头与船长对话，就能乘坐船只前往第三岛。第三岛上有一些自称暴走族的训练家，他们会在路上拦住玩家发起挑战，需要将他们逐个击败才能顺利前进。这个岛屿是前往后续四、五、六、七岛的重要中转站，因此建议在离开第二岛前充分补给并整理好队伍。整个前往一二三岛的过程构成了游戏的后期拓展内容，将冒险舞台从关都地区延伸至广阔的七岛海域。
